. . "ape (zkratka pro anglick\u00FD n\u00E1zev Analysis of Phylogenetics and Evolution) je bal\u00EDk pro fylogenetick\u00E9 anal\u00FDzy pro prost\u0159ed\u00ED R. Tento bal\u00EDk poskytuje funkce pro \u010Dten\u00ED, psan\u00ED, kreslen\u00ED a manipulaci s fylogenetick\u00FDmi stromy, vytv\u00E1\u0159en\u00ED konsensu\u00E1ln\u00EDch strom\u016F a v\u00FDpo\u010Det druhov\u00FDch strom\u016F (Species tree) z genov\u00FDch strom\u016F (Gene tree), anal\u00FDzy srovn\u00E1vac\u00EDch dat ve fylogenetick\u00E9m r\u00E1mci, anal\u00FDzy rodov\u00FDch znak\u016F, anal\u00FDzy diverzifikace a makroevoluce, v\u00FDpo\u010Dty vzd\u00E1lenosti z sekvenc\u00ED DNA, \u010Dten\u00ED a psan\u00ED nukleotidov\u00FDch sekvenc\u00ED stejn\u011B jako importov\u00E1n\u00ED z BioConductoru \u010Di GenBank a n\u011Bkolik n\u00E1stroj\u016F, jako je Mantel\u016Fv test, generalizovan\u00E9 panoramatick\u00E9 v\u00FDkresy, grafick\u00FD pr\u016Fzkum fylogenetick\u00FDch dat, odhad absolutn\u00EDch evolu\u010Dn\u00EDch rychlost\u00ED a odhad m\u00EDry speciace a extinkce pomoc\u00ED birth-death modelu, datov\u00E1n\u00ED strom\u016F za pou\u017Eit\u00ED ancient DNA, manipulaci se sekvencemi DNA a jejich p\u0159ekl\u00E1d\u00E1n\u00ED do sekvenc\u00ED aminokyselin, vyhodnocen\u00ED sekven\u010Dn\u00EDho uspo\u0159\u00E1d\u00E1n\u00ED stejn\u011B jako v\u00FDpo\u010Det frekvenc\u00ED jednotliv\u00FDch nukleotid\u016F. Tento bal\u00EDk nav\u00EDc obsahuje datasety r\u016Fzn\u00FDch \u017Eivo\u010Dich\u016F (nap\u0159. pt\u00E1k\u016F, netop\u00FDr\u016F \u010Di my\u0161ic). Odhad fylogeneze lze prov\u00E1d\u011Bt metodami nap\u0159. UPGMA a Neighbor-joining, atd. Pro n\u011Bkter\u00E9 funkce je nutn\u00E9 pou\u017E\u00EDt extern\u00ED aplikace (PhyML, Clustal, T-Coffee, Muscle). Z\u00E1rove\u0148 je tento bal\u00EDk vyu\u017E\u00EDv\u00E1n jin\u00FDmi bal\u00EDky (nap\u0159. pegas a je tak nezbytn\u00FD pro anal\u00FDzu fylogeneze v R.Prvn\u00ED verze byla vyd\u00E1na 27. srpna 2002, od t\u00E9 doby vy\u0161lo v\u00EDce ne\u017E 90 nov\u00FDch verz\u00ED, 4. dubna 2018 byla vyd\u00E1na verze 5.1."@cs . "ape (zkratka pro anglick\u00FD n\u00E1zev Analysis of Phylogenetics and Evolution) je bal\u00EDk pro fylogenetick\u00E9 anal\u00FDzy pro prost\u0159ed\u00ED R."@cs . . . . . . . . . . "ape"@cs . "1382341"^^ . . . "2575"^^ . . "Ape (bal\u00ED\u010Dek programu R)"@cs . . . . . . . . . . . "17"^^ . "16297047"^^ .