@prefix dbpedia-owl: .
@prefix dbpedia-cs: .
dbpedia-cs:Enterobacteriaceae dbpedia-owl:wikiPageWikiLink dbpedia-cs:Buchnera_aphidicola .
@prefix rdfs: .
dbpedia-cs:Buchnera_aphidicola rdfs:label "Buchnera aphidicola"@cs ;
rdfs:comment "Buchnera aphidicola je druh bakterie ze skupiny Enterobacteriaceae.Je prim\u00E1rn\u00EDm endosymbiontem (P-endosymbiontem) m\u0161ic a \u017Eije ve vezikulech jejich mycetocyt\u016F, kter\u00FDch je v jedn\u00E9 m\u0161ici 60-80 a z nich\u017E se p\u0159i mno\u017Een\u00ED hostitele p\u0159en\u00E1\u0161\u00ED p\u0159es hemolymfu do oplozen\u00E9ho vaj\u00ED\u010Dka. Bu\u0148ky buchnery jsou gramnegativn\u00ED, kulovit\u00E9ho tvaru, v pr\u016Fm\u011Bru velk\u00E9 2 \u2013 5 \u03BCm."@cs .
@prefix owl: .
dbpedia-cs:Buchnera_aphidicola owl:sameAs dbpedia-cs:Buchnera_aphidicola .
@prefix xsd: .
dbpedia-cs:Buchnera_aphidicola dbpedia-owl:wikiPageLength "16661"^^xsd:nonNegativeInteger .
@prefix prop-cs: .
dbpedia-cs:Buchnera_aphidicola prop-cs:rod "Buchnera"@cs ;
prop-cs:třída dbpedia-cs:Gamma_Proteobacteria ;
prop-cs:řád dbpedia-cs:Enterobacteriales ;
prop-cs:čeleď dbpedia-cs:Enterobacteriaceae ;
prop-cs:šířkaObrázku 250 ;
prop-cs:binomickéJméno "Buchnera aphidicola"@cs .
@prefix ns6: .
dbpedia-cs:Buchnera_aphidicola prop-cs:wikiPageUsesTemplate ns6:Taxobox ;
prop-cs:rodPopsal "Munson, Baumann & Kinsey, 1991"@cs ;
dbpedia-owl:wikiPageWikiLinkText "Buchnera"@cs ;
dbpedia-owl:wikiPageOutDegree "91"^^xsd:nonNegativeInteger ;
dbpedia-owl:wikiPageWikiLink dbpedia-cs:Hsp60 .
@prefix category-cs: .
dbpedia-cs:Buchnera_aphidicola dbpedia-owl:wikiPageWikiLink category-cs:Enterobacteriaceae ,
dbpedia-cs:Tribus ,
dbpedia-cs:Polyamin ,
dbpedia-cs:Proteobacteria ,
dbpedia-cs:Enterobacteriales ,
dbpedia-cs:Hemolymfa ,
dbpedia-cs:Bílkovina ,
dbpedia-cs:Riboflavin ,
dbpedia-cs:Glykolýza ,
,
dbpedia-cs:Kadaverin ,
dbpedia-cs:Putrescin ,
,
dbpedia-cs:Fytovirus ,
dbpedia-cs:Sigma_faktor ,
dbpedia-cs:Eukaryota ,
dbpedia-cs:Bičík ,
dbpedia-cs:RDNA ,
dbpedia-cs:Spermidin ,
dbpedia-cs:RNA_polymeráza ,
dbpedia-cs:Protein_teplotního_šoku ,
dbpedia-cs:Mikrometr ,
dbpedia-cs:Endosymbióza ,
dbpedia-cs:Hsp70 ,
dbpedia-cs:Operon ,
dbpedia-cs:Bakterie ,
dbpedia-cs:Obsah_GC ,
dbpedia-cs:Nukleotid ,
dbpedia-cs:Serratia ,
dbpedia-cs:Lipopolysacharid ,
dbpedia-cs:GenBank ,
dbpedia-cs:Nukleová_báze ,
dbpedia-cs:Escherichia_coli ,
dbpedia-cs:Plazmid ,
dbpedia-cs:DNA ,
dbpedia-cs:Fenylalanin ,
dbpedia-cs:Polymerázová_řetězová_reakce ,
dbpedia-cs:Esenciální_aminokyselina ,
,
dbpedia-cs:Mšice ,
dbpedia-cs:Cytoplazma ,
dbpedia-cs:Gamma_Proteobacteria ,
dbpedia-cs:Tryptofan ,
dbpedia-cs:Gramnegativní_bakterie ,
dbpedia-cs:Organela ,
dbpedia-cs:Leucin ,
dbpedia-cs:Mitochondrie ,
,
dbpedia-cs:Rickettsia_bellii ,
dbpedia-cs:Enzym ,
dbpedia-cs:Schizaphis_graminum ,
dbpedia-cs:Serratia_symbiotica ,
dbpedia-cs:Spiroplasma_citri ,
dbpedia-cs:Spiroplasma_melliferum ,
dbpedia-cs:Mšice_maková ,
dbpedia-cs:Yamatocallis ,
dbpedia-cs:Enterobacteriaceae ,
dbpedia-cs:Mollicutes ,
dbpedia-cs:Gen ,
dbpedia-cs:MRNA ,
,
dbpedia-cs:Chaperon ,
dbpedia-cs:Vajíčko ,
dbpedia-cs:Exprese_genu ,
dbpedia-cs:Cinara_cedri ,
dbpedia-cs:Vitamín ,
dbpedia-cs:Hamiltonella_defensa ,
dbpedia-cs:Hsp10 ,
dbpedia-cs:Hsp40 ,
dbpedia-cs:Polyploidie ,
dbpedia-cs:Lachninae ,
dbpedia-cs:Mycetocyt ,
dbpedia-cs:Regiella ,
dbpedia-cs:Regiella_insecticola ,
dbpedia-cs:Rickettsia ,
dbpedia-cs:Kalifornie ,
dbpedia-cs:Kyjatka_hrachová ,
dbpedia-cs:Baizongia_pistaciae ,
dbpedia-cs:Cerataphidini ,
dbpedia-cs:Chaperonin ,
dbpedia-cs:Vnější_membrána ,
dbpedia-cs:Vezikul ,
dbpedia-cs:Chromozom ,
dbpedia-cs:Genom .
@prefix prov: .
dbpedia-cs:Buchnera_aphidicola prov:wasDerivedFrom ;
prop-cs:obrázek "Journal.pbio.0050126.g001.png"@cs ;
prop-cs:jméno "Buchnera"@cs ;
prop-cs:druhPopsal "Munson, Baumann & Kinsey, 1991"@cs ;
prop-cs:oddělení dbpedia-cs:Proteobacteria ;
prop-cs:doména dbpedia-cs:Bakterie .
@prefix dcterms: .
dbpedia-cs:Buchnera_aphidicola dcterms:subject category-cs:Enterobacteriaceae .
@prefix foaf: .
dbpedia-cs:Buchnera_aphidicola foaf:depiction ;
dbpedia-owl:thumbnail ;
dbpedia-owl:abstract "Buchnera aphidicola je druh bakterie ze skupiny Enterobacteriaceae.Je prim\u00E1rn\u00EDm endosymbiontem (P-endosymbiontem) m\u0161ic a \u017Eije ve vezikulech jejich mycetocyt\u016F, kter\u00FDch je v jedn\u00E9 m\u0161ici 60-80 a z nich\u017E se p\u0159i mno\u017Een\u00ED hostitele p\u0159en\u00E1\u0161\u00ED p\u0159es hemolymfu do oplozen\u00E9ho vaj\u00ED\u010Dka. Bu\u0148ky buchnery jsou gramnegativn\u00ED, kulovit\u00E9ho tvaru, v pr\u016Fm\u011Bru velk\u00E9 2 \u2013 5 \u03BCm. Zm\u011Bna velikosti pr\u016Fm\u011Bru ani objemu bu\u0148ky v z\u00E1vislosti na st\u00E1\u0159\u00ED m\u0161ice nen\u00ED signifikantn\u00ED, velikost buchner v m\u0161ic\u00EDch star\u00FDch 10 dn\u00ED je zhruba stejn\u00E1 jako v m\u0161ic\u00EDch star\u00FDch 50 dn\u00ED.Pro sv\u00E9ho hostitele je Buchnera d\u016Fle\u017Eit\u00E1 nap\u0159. synt\u00E9zou esenci\u00E1ln\u00ED aminokyseliny tryptofanu nebo vitam\u00EDnu riboflavinu. Naopak geny pro neesenci\u00E1ln\u00ED aminokyseliny chyb\u00ED, buchnery vyu\u017E\u00EDvaj\u00ED produkty obsa\u017Een\u00E9 v cytoplazm\u011B mycetocyt\u016F. U m\u0161ice makov\u00E9 (Aphis fabae) bylo zkoum\u00E1no mno\u017Estv\u00ED esenci\u00E1ln\u00EDch aminokyselin, kter\u00E9 Buchnera hostiteli poskytuje. Relativn\u011B nejv\u00EDce poskytuje fenylalanin (z vyroben\u00E9ho mno\u017Estv\u00ED 0,28\u00D710\u221215 mol\u016F denn\u011B jedna bu\u0148ka buchnery poskytne 76 %), nejv\u00EDce syntetizuje leucin (z 0,33\u00D710\u221215 mol\u016F hostitel vyu\u017Eije 74 %). U v\u011Bt\u0161iny esenci\u00E1ln\u00EDch aminokyselin m\u0161ice vyu\u017Eije nadpolovi\u010Dn\u00ED v\u011Bt\u0161inu vyroben\u00E9ho mno\u017Estv\u00ED, v\u00FDjimkou je tryptofan (z 0,02\u00D710\u221215 mol\u016F hostitel vyu\u017Eije 19 %). Buchnera kmene APS m\u00E1 54 gen\u016F k\u00F3duj\u00EDc\u00EDch b\u00EDlkoviny pro synt\u00E9zu v\u0161ech aminokyselin esenci\u00E1ln\u00EDch pro m\u0161ice.Buchnera m\u00E1 stejn\u011B jako ostatn\u00ED P-endosymbionti zna\u010Dn\u011B redukovan\u00FD genom v\u010Detn\u011B ztr\u00E1ty gen\u016F pro reparaci DNA. Buchnera je ale jedin\u00FD zn\u00E1m\u00FD organismus, kter\u00FD ztratil i gen recA (recBCD z\u016Fstaly zachov\u00E1ny), gen, kter\u00FD je nejz\u00E1sadn\u011Bj\u0161\u00ED sou\u010D\u00E1st\u00ED syst\u00E9mu pro homologn\u00ED rekombinace, opravy a \u00FAdr\u017Ebu DNA. P\u0159\u00EDtomn\u00FD ale nefunk\u010Dn\u00ED gen je je\u0161t\u011B zn\u00E1m z genomu pouh\u00FDch dvou bakteri\u00ED ze skupiny Mollicutes. Ty maj\u00ED gen recA zkr\u00E1cen\u00FD na prvn\u00EDch 390 nukleotid\u016F (Spiroplasma citri), \u010Di jinak pozm\u011Bn\u011Bn (Spiroplasma melliferum), a tak nedosta\u010Duj\u00EDc\u00ED.Na rozd\u00EDl od jin\u00FDch gramnegativn\u00EDch bakteri\u00ED Buchnera neprodukuje \u017E\u00E1dn\u00E9 polyaminy s v\u00FDjimkou spermidinu, kter\u00FD vyr\u00E1b\u011Bj\u00ED enzymy k\u00F3dovan\u00E9 geny speD a speE. Chyb\u00ED i v\u00FDznamn\u00E9 polyaminy ostatn\u00EDch prokaryot jako putrescin \u010Di kadaverin. Obsah spermidinu je nejvy\u0161\u0161\u00ED u mlad\u00FDch m\u0161ic. Buchnera tak\u00E9 postr\u00E1d\u00E1 lipopolysacharidy ve sv\u00E9 vn\u011Bj\u0161\u00ED bun\u011B\u010Dn\u00E9 membr\u00E1n\u011B. Chyb\u00ED j\u00ED tak\u00E9 geny motA a motB, kter\u00E9 jsou d\u016Fle\u017Eit\u00E9 pro aktivitu bi\u010D\u00EDku. Naopak z\u00E1stupci dob\u0159e prozkouman\u00E9ho kmene APS si ponechali apar\u00E1t pro glykol\u00FDzu. Jak je pro P-endosymbionty charakteristick\u00E9, spole\u010Dn\u011B s redukc\u00ED genomu se sni\u017Euje obsah GC. U kmene APS \u010Din\u00ED zhruba 26 %.Pro buchneru je charakteristick\u00E9, \u017Ee ve v\u011Bt\u0161\u00ED m\u00ED\u0159e exprimuje geny pro proteiny tepeln\u00E9ho \u0161oku. Mezi n\u011B pat\u0159\u00ED groEL (57,3 kDa), groES (10,3 kDa), co\u017E jsou chaperony Hsp60, resp. Hsp10 (zvan\u00E9 n\u011Bkdy chaperoniny), dnaK (Hsp70), dnaJ (Hsp40; pomocn\u00FD protein pro chaperony Hsp70) nebo rpoH. RpoH je gen pro \u03C332, \u03C3-faktor, kter\u00FD spou\u0161t\u00ED expresi gen\u016F tepeln\u00E9ho \u0161oku t\u00EDm zp\u016Fsobem, \u017Ee se p\u0159i zv\u00FD\u0161en\u00ED teploty uvoln\u00ED z komplexu s pomocn\u00FDm proteinem dnaJ a ten pak umo\u017E\u0148uje vazbu RNA-polymer\u00E1zy k promotor\u016Fm protein\u016F tepeln\u00E9ho \u0161oku. Z nich je nejv\u00EDce produkov\u00E1n groEL, groES i dnaKJ jsou v bu\u0148ce zastoupeny v podstatn\u011B ni\u017E\u0161\u00EDch koncentrac\u00EDch. Buchnera toti\u017E proteiny groEL exprimuje i p\u0159i norm\u00E1ln\u00ED teplot\u011B. M\u0161ice p\u0159i teplot\u011B 23 \u00B0C star\u00E1 9 dn\u00ED obsahuje 1,6\u00D7105 molekul groEL na \u03BCm3 objemu bu\u0148ky. To je podobn\u00E9 mno\u017Estv\u00ED jako u E. coli p\u0159i teplot\u011B 46 \u00B0C. Nadprodukce groEL je pro buchnery prosp\u011B\u0161n\u00E1 z n\u011Bkolika d\u016Fvod\u016F. \u010C\u00E1st proteinu p\u0159ech\u00E1z\u00ED do hemolymfy m\u0161ice. Zde m\u016F\u017Ee obalovat virov\u00E9 \u010D\u00E1stice rostlinn\u00FDch vir\u016F (luteoviru), kter\u00E9 se sem dost\u00E1vaj\u00ED ze za\u017E\u00EDvac\u00EDho traktu m\u0161ice, kter\u00E1 se \u017Eiv\u00ED \u0161\u0165\u00E1vami napadan\u00E9 rostliny. Viry jsou tak zachov\u00E1ny v infek\u010Dn\u00ED form\u011B a p\u0159es slinn\u00E9 \u017El\u00E1zy m\u0161ice se mohou p\u0159esunout na jinou rostlinu. Infikovan\u00E9 rostliny maj\u00ED v\u011Bt\u0161\u00ED pod\u00EDl \u017Eivin ve \u0161\u0165\u00E1v\u011B, jejich p\u0159enos je tedy pro m\u0161ici a tud\u00ED\u017E i pro jej\u00ED symbionty v\u00FDhodn\u00FD. Dal\u0161\u00ED v\u00FDhoda pro buchneru z nadprodukce groEL m\u016F\u017Ee plynout z obecn\u00E9 vlastnosti chaperon\u016F skl\u00E1dat pr\u00E1v\u011B translatovan\u00E9 proteiny do funk\u010Dn\u00ED terci\u00E1rn\u00ED struktury. Chaperony tak mohou \u010D\u00E1ste\u010Dn\u011B kompenzovat akumulovan\u00E9 substituce aminokyselin, ke kter\u00FDm \u010Dast\u011Bji doch\u00E1z\u00ED pr\u00E1v\u011B v redukovan\u00E9m genomu P-endosymbiont\u016F, kde chyb\u00ED n\u011Bkter\u00E9 proteiny d\u016Fle\u017Eit\u00E9 pro reparaci DNA.Protein groEL buchnery je v po\u0159ad\u00ED aminokyselin z 85,8 % shodn\u00FD s groEL u E. coli. Strukturou je s groEL u E. coli shodn\u00FD, je tak\u00E9 slo\u017Een ze 14 podjednotek, kter\u00E9 \u2013 stejn\u011B jako u E. coli \u2013 vytv\u00E1\u0159ej\u00ED dva kruhy o sedmi jednotk\u00E1ch. D\u0159\u00EDve byl naz\u00FDv\u00E1n symbionin, zkr\u00E1cen\u011B symL, groES pak symS. Stejn\u011B jako u E. coli maj\u00ED proteiny groEL a groES spole\u010Dn\u00FD operon groESL (symSL), ze kter\u00E9ho se transkribuje mRNA dlouh\u00E1 2,1 kb. U kmene APS buchnery nen\u00ED groEL (na rozd\u00EDl od nap\u0159. men\u0161\u00EDho genomu kmene Cc) pops\u00E1n v datab\u00E1zi GenBank, odpov\u00EDd\u00E1 mu v\u0161ak gen mopA, kter\u00FD p\u0159irozen\u011B chyb\u00ED v chromozomech s groEL.Buchnera je polyploidn\u00ED, obsahuje kolem 120 kopi\u00ED genomu na bu\u0148ku. Krom\u011B chromoz\u00F3m\u016F obsahuje i n\u011Bkolik plazmid\u016F. V nich se nach\u00E1zej\u00ED nap\u0159. geny pro synt\u00E9zu tryptofanu \u010Di leucinu (geny leuABCD nalezen\u00E9 v plazmidu pLeu n\u011Bkter\u00FDch kmen\u016F buchnery).Buchnera byla objevena u \u0159ady druh\u016F m\u0161ic, pravd\u011Bpodobn\u011B \u017Eije u v\u011Bt\u0161iny druh\u016F, n\u011Bkter\u00E9 druhy tribu Cerataphidini ji v\u0161ak postr\u00E1daj\u00ED a m\u00EDsto n\u00ED maj\u00ED houbovit\u00E9 mikroorganismy, tedy Eukaryota. Genom je p\u0159e\u010Dten\u00FD zat\u00EDm u \u010Dty\u0159 kmen\u016F: APS (kyjatka hrachov\u00E1, Acyrthosiphon pisum), Bp (Baizongia pistaciae), Cc (Cinara cedri), Sg (Schizaphis graminum). Jsou tak\u00E9 p\u0159e\u010Dteny genomy kmen\u016F 5A a Tuc7, oba z Acyrthosiphon pisum. Po\u010Det protein k\u00F3duj\u00EDc\u00EDch gen\u016F je variabiln\u00ED, nejv\u00EDce jich m\u00E1 kmen APS (564; dal\u0161\u00ED kmeny z druhu Acyrthosiphon pisum se mu po\u010Dtem gen\u016F velmi podobaj\u00ED), daleko nejm\u00E9n\u011B pak Cc (357). Tento kmen ji\u017E nen\u00ED schopen zast\u00E1vat n\u011Bkter\u00E9 biosyntetick\u00E9 procesy d\u016Fle\u017Eit\u00E9 pro hostitele (synt\u00E9za tryptofanu \u010Di riboflavinu), jeho \u010Dinnost nahrazuje sekund\u00E1rn\u00ED symbiont Serratia symbiotica, takt\u00E9\u017E \u010Dlen skupiny Enterobacteriaceae. Po\u010Det b\u00E1z\u00ED v genomu kmene Cc se bl\u00ED\u017E\u00ED horn\u00ED hranici zn\u00E1m\u00E9 u mitochondri\u00ED suchozemsk\u00FDch rostlin a podobn\u00FDmi organelami se tyto buchnery mo\u017En\u00E1 v budoucnu stanou, pokud ov\u0161em nevym\u0159ou. Porovn\u00E1n\u00ED genom\u016F ostatn\u00EDch kmen\u016F buchnery ale naopak ukazuje velkou stabilitu genomu \u2013 p\u0159i srovn\u00E1n\u00ED kmen\u016F Sg a APS nebylo nalezeno \u017E\u00E1dn\u00E9 z\u00EDsk\u00E1n\u00ED genu \u010Di p\u0159eskupen\u00ED chromozomu za posledn\u00EDch 50 a\u017E 70 milion\u016F let.Sou\u017Eit\u00ED buchnery s m\u0161icemi je evolu\u010Dn\u011B star\u00E9. Infikace p\u0159edka m\u0161ic bakteri\u00ED, ze kter\u00E9 se vyvinuly dne\u0161n\u00ED buchnery, se odehr\u00E1lo p\u0159ed 160\u2013280 mili\u00F3ny lety, nebo v t\u00E9to dob\u011B alespo\u0148 vznikl horizont\u00E1ln\u00ED p\u0159enos t\u011Bchto bakteri\u00ED. Buchnera m\u00E1 shodnou fylogenezi s m\u0161icemi i na velmi n\u00EDzk\u00E9 \u00FArovni. Od E. coli Buchnera divergovala p\u0159ed zhruba 420 miliony lety.Krom\u011B buchnery se v t\u011Blech m\u0161ic vyskytuj\u00ED r\u016Fzn\u00ED sekund\u00E1rn\u00ED endosymbionti, \u010Dasto tak\u00E9 ze skupiny Enterobacteriaceae. Nap\u0159. u kalifornsk\u00FDch m\u0161ic druhu Acyrthosiphon pisum byl pomoc\u00ED PCR nalezen S-endosymbiont (nazvan\u00FD PASS \u2013 pea aphid secondary symbiont) u t\u00E9m\u011B\u0159 88 % jedinc\u016F. U t\u00E9ho\u017E druhu m\u0161ice byl nalezen i exkluzivn\u00ED kmen rickettsie (PAR \u2013 pea aphid rickettsia) podle sekvenc\u00ED 16S rDNA p\u0159\u00EDbuzn\u00FD druhu Rickettsia bellii. S-endosymbiont\u016F m\u0161ic je cel\u00E1 \u0159ada. Fukatsu objevil S-endosymbionta m\u0161ic rodu Yamatocallis (YSMS). Teprve v posledn\u00EDch letech se p\u0159istupuje k popisov\u00E1n\u00ED S-endosymbiont\u016F klasick\u00FDmi rodov\u00FDmi a druhov\u00FDmi jm\u00E9ny. U m\u0161ic pod\u010Deledi Lachninae (kam pat\u0159\u00ED tak\u00E9 Cinara cedri, hostitel buchnery Cc) byla pops\u00E1na bakterie Serratia symbiotica, kter\u00E1 pat\u0159\u00ED do stejn\u00E9ho rodu ke zn\u00E1m\u00FDm patogen\u016Fm; rod Serratia pat\u0159\u00ED tak\u00E9 do \u010Deledi Enterobacteriaceae. Dal\u0161\u00EDmi S-endosymbionty z t\u00E9to skupiny proteobakteri\u00ED jsou nap\u0159. Hamiltonella defensa a Regiella insecticola. O regielle bylo zji\u0161t\u011Bno, \u017Ee podporuje rezistenci hostitele v\u016F\u010Di patogen\u016Fm a tak zvy\u0161uje fitness m\u0161ic. S-endosymbionti m\u0161ic jsou na rozd\u00EDl od buchnery ty\u010Dinkovit\u00E9 bakterie. \u017Dij\u00ED ve zvl\u00E1\u0161tn\u00EDch bu\u0148k\u00E1ch \u010D\u00E1ste\u010Dn\u011B obklopuj\u00EDc\u00EDch bakteriom s buchnerami."@cs ;
dbpedia-owl:wikiPageID 710840 .
@prefix wiki-cs: .
dbpedia-cs:Buchnera_aphidicola foaf:isPrimaryTopicOf wiki-cs:Buchnera_aphidicola ;
dbpedia-owl:wikiPageRevisionID 16476633 .
wiki-cs:Buchnera_aphidicola foaf:primaryTopic dbpedia-cs:Buchnera_aphidicola .