Anatomie měkkýšů se zabývá vnitřní stavbou těla měkkýšů. Tělo se dělí na hlavu, nohu a útrobní vak. Útrobní vak obsahuje orgány a je kryt kožním záhybem tzv. pláštěm, jehož pokožka vylučuje na povrch schránku z uhličitanu vápenatého. U plžů se schránka nazývá ulita a u mlžů lastura. U nahých plžů není útrobní vak a vnitřní orgány jsou uloženy v noze pod pláštěm. U některých zástupců je schránka redukovaná např. u sépií na sépiovou kost a u některých úplně chybí např. u chobotnic.
