Sezóna 2003/04 Gambrinus ligy byla 11. sezónou v samostatné české lize. Začala 26. července 2003 a skončila 15. května 2004. Do tohoto ročníku postoupily z druhé ligy týmy SFC Opava a FC Viktoria Plzeň. Po skončení ročníku do druhé ligy sestoupily týmy FC Viktoria Plzeň a FK Viktoria Žižkov.