Magdalena Habsburská (14. srpna 1532 Innsbruck - 10. prosince 1590 Hall v Tyrolsku) byla rakouská arcivévodkyně, dcera habsburského císaře Ferdinanda I. a jeho manželky Anny Jagellonské. Byla jeptiškou, spolu se svými sestrami založila ženský klášter v tyrolském Hallu.