Světový pohár v běhu na lyžích 1988/89 byl osmým ročníkem Světového poháru v běhu na lyžích pod záštitou Mezinárodní lyžařské federace (FIS). Muži i ženy odjeli celkem 12 individuálních závodů a 4 štafety. Celkovými vítězi se stali Švéd Gunde Svan a Ruska Jelena Vjalbeová.