Světový pohár v běhu na lyžích 1989/90 byl devátým ročníkem Světového poháru v běhu na lyžích pod záštitou Mezinárodní lyžařské federace (FIS). Muži i ženy odjeli celkem 11 individuálních závodů, k tomu muži 5 štafet, ženy dokonce 6 štafet. Celkovými vítězi se stali Nor Vegard Ulvang a Ruska Larisa Lazutinová.