Geneland je počítačový program vytvořený Gillem Guillotem. Může být využit buď jako součást statistického softwaru R, jakožto balíček a nebo jej lze využívat v plně uživatelském rozhraní. Geneland je program, který vypočítává prostorovou analýzu na datech populační genetiky. Rozděluje data do určitých počtů skupin (populací) a podmínkou rozdělení je, že každá skupina je homogenní.

PropertyValue
prop-cs:jméno
  • Geneland
prop-cs:operačníSystém
prop-cs:vývojář
  • Gilles Guillot
prop-cs:web
prop-cs:wikiPageUsesTemplate
dbpedia-owl:abstract
  • Geneland je počítačový program vytvořený Gillem Guillotem. Může být využit buď jako součást statistického softwaru R, jakožto balíček a nebo jej lze využívat v plně uživatelském rozhraní. Geneland je program, který vypočítává prostorovou analýzu na datech populační genetiky. Rozděluje data do určitých počtů skupin (populací) a podmínkou rozdělení je, že každá skupina je homogenní. Určování skupin je založeno na analýze fenotypových, prostorových a genetických datech jedinců.Program Geneland je možné spustit na Windows, Unix či MacOS. Jádro programu je napsáno v programovacím jazyce Fortran, další doplňky jsou napsány v R. Geneland nevyžaduje přílišné znalosti v programovacím jazyce R, proto i méně zkušený uživatel R může jednoduše využít Geneland pro zpracování svých dat.Hlavní podstata Genelandu je využití georeferencovaných dat o multilokusových genotypech jedinců pro rozdělení jedinců do různého počtu populací a určení umístění v prostoru na základě genetických diskontinuit mezi populacemi. Geneland využívá metody výpočtu, které předpokládají následující: Neznámý počet populací Veškerá data jsou rovnocenná a stejně důležitá Populace jsou rozmístěny v prostoru, který lze popsat polygony Každá populace splňuje Hardy-Weinbergovu rovnováhu Neznámý počet frekvencí alel v každé populaci – alely jsou analyzovaný náhodným výběrem dle Dirichletova principu či Falushova principu.Výsledkem modelů Genelandu jsou grafy obsahující jedince umístěné v prostoru nebo také mapy znázorňující jedince a populace, do kterých jedinec patří na základě fenotypových, prostorových a genetických dat. Pokud uživatel touží po znázornění svých dat (jedinců a populací) v google mapách, Geneland lze využít v kombinaci s ostaními R balíčky, jako je například RgoogleMaps.Geneland používá metodu Monte Carlo pomocí Markovova řetězce (anglická zkratka: MCMC), tedy výpočení úkony jsou dlouhé sekvence jednodušších úkonů. Pro představu, 100000 iterací na datasetu 200 jedinců s 10 lokusy trvá vypočítat okolo 3–15 minut, nicméně čas výpočtu se může lišit s výběrem modelu a s velikostí paměti.
dbpedia-owl:operatingSystem
dbpedia-owl:wikiPageExternalLink
dbpedia-owl:wikiPageID
  • 1360174 (xsd:integer)
dbpedia-owl:wikiPageLength
  • 4056 (xsd:integer)
dbpedia-owl:wikiPageOutDegree
  • 31 (xsd:integer)
dbpedia-owl:wikiPageRevisionID
  • 15877411 (xsd:integer)
dbpedia-owl:wikiPageWikiLink
dbpedia-owl:wikiPageWikiLinkText
  • Geneland
dcterms:subject
rdf:type
rdfs:comment
  • Geneland je počítačový program vytvořený Gillem Guillotem. Může být využit buď jako součást statistického softwaru R, jakožto balíček a nebo jej lze využívat v plně uživatelském rozhraní. Geneland je program, který vypočítává prostorovou analýzu na datech populační genetiky. Rozděluje data do určitých počtů skupin (populací) a podmínkou rozdělení je, že každá skupina je homogenní.
rdfs:label
  • Geneland
prov:wasDerivedFrom
foaf:homepage
foaf:isPrimaryTopicOf
foaf:name
  • Geneland
is dbpedia-owl:wikiPageWikiLink of
is foaf:primaryTopic of