V soubojích devátého ročníku Moravskoslezské fotbalové ligy 1999/00 se utkalo 16 týmů každý s každým dvoukolovým systémem podzim–jaro. Tento ročník začal v srpnu 1999 a skončil v červnu 2000.Během podzimu odstoupil ze soutěže klub FK HK Přerov, čímž se stal prvním sestupujícím, jeho výsledky byly anulovány a soutěž byla dohrána s 15 účastníky. Do II. ligy postoupila prvá dvě mužstva, sestoupila kromě Přerova další dvě mužstva z chvostu tabulky.
