V soubojích 47. ročníku Přeboru Jihomoravského kraje 2006/07 (jedna ze skupin 5. fotbalové ligy) se utkalo 16 týmů každý s každým dvoukolovým systémem podzim–jaro. Tento ročník začal v sobotu 12. srpna 2006 úvodními třemi zápasy 1. kola a skončil v neděli 17. června 2007 zbývajícími dvěma utkáními 27. kola (29. a 30. kolo bylo předehráno na podzim 2006, 28. kolo bylo předehráno na jaře 2007).