V soubojích 49. ročníku Přeboru Jihomoravského kraje 2008/09 (jedna ze skupin 5. fotbalové ligy) se utkalo 16 týmů každý s každým dvoukolovým systémem podzim–jaro. Tento ročník začal v sobotu 9. srpna 2008 kompletním 1. kolem a skončil v neděli 14. června 2009 zbývajícími dvěma utkáními 29. kola (30. kolo bylo předehráno již ve středu 6. května 2009).
