V roce 2006 se Intertoto Cup hrál poprvé podle nového formátu. Každá členská země UEFA mohla vyslat jen jediného zástupce, hrála se tři kola místo pěti, do Poháru UEFA postupovalo jedenáct týmů na rozdíl od dřívějších tří, ale nepostupovali rovnou do 1. kola, ale už do 2. předkola.
