William Howard Stein (25. června 1911 New York – 2. února 1980 New York) byl americký biochemik, nositel Nobelovy ceny za chemii za rok 1972. Obdržel ji společně se Stanfordem Moorem a Christianem B. Anfinsenem za studium vztahu mezi strukturou a funkcí biologicky aktivních bílkovin, zvláště enzymu ribonukleázy. Studoval na Harvardu a na Kolumbijské univerzitě.