Chromozom Y je pohlavní chromozom přítomný u mnoha skupin živočichů, včetně člověka (druhým je chromozom X). Na základě chromozomů X a Y je založeno jedno z nejčastějších systémů určení pohlaví: buňky s kombinací chromozomů XX představují samice, XY jsou samci. Chromozom X byl pojmenován podle svých unikátních vlastností, načež byl druhý objevený chromozom Y pojmenován jakožto jeho protipól.
