V soubojích 13. ročníku Moravskoslezské divize E 2003/04 (jedna ze skupin 4. fotbalové ligy) se utkalo 16 týmů každý s každým dvoukolovým systémem podzim–jaro. Tento ročník odstartoval v sobotu 9. srpna 2003 úvodními třemi zápasy 1. kola a skončil v neděli 20. června 2004 zbývajícími pěti zápasy 30. kola.