V soubojích 16. ročníku Moravskoslezské divize E 2006/07 (jedna ze skupin 4. fotbalové ligy) se utkalo 16 týmů každý s každým dvoukolovým systémem podzim–jaro. Tento ročník odstartoval v sobotu 12. srpna 2006 úvodními pěti zápasy 1. kola a skončil v neděli 17. června 2007 zbývajícími dvěma zápasy 29. kola (kompletní 30. kolo bylo předehráno již v úterý 8. května 2007).
