Flavoprotein (FP) je bílkovina, která obsahuje flavinnukleotid (FAD nebo FMN) ve formě koenzymu či prostetické skupiny. Flavoproteiny jsou často enzymy, typicky oxidoreduktázy nebo přenašeče elektronů v elektronových transportních řetězcích.Mezi flavoproteiny patří například oxidáza L-aminokyselin, xantinoxidáza či jaterní aldehyddehydrogenáza.