Gap penalty je pojem používaný v bioinformatice při sekvenčním alignmentu, tj. při srovnávání proteinových či nukleotidových sekvencí. Do češtiny jej lze přeložit jako „srážka za mezeru“.Hodnoty gap penalty jsou vytvořeny proto, aby redukovaly skóre sekvenčního alignmentu, který je přerušen indely (inzercemi/delecemi).
| Property | Value |
|---|
| prop-cs:wikiPageUsesTemplate
| |
| dbpedia-owl:abstract
|
- Gap penalty je pojem používaný v bioinformatice při sekvenčním alignmentu, tj. při srovnávání proteinových či nukleotidových sekvencí. Do češtiny jej lze přeložit jako „srážka za mezeru“.Hodnoty gap penalty jsou vytvořeny proto, aby redukovaly skóre sekvenčního alignmentu, který je přerušen indely (inzercemi/delecemi). Hlavními prvky používanými k určování skóre alignmentu jsou shody a neshody v aminokyselinách nebo nukleotidech a právě gaps (mezery, díry).Jako gap nebo mezeru můžeme označit nepřetržitý sled po sobě jdoucích indelů, tj. deletovaných/inzertovaných aminokyselin či nukleotidů v jedné nebo obou sekvencích alignmentu. Mezera může být rovněž tvořena jen jednou deletovanou/inzertovanou aminokyselinou či nukleotidem. Mezery pomáhají vytvářet alignmenty, které lépe odpovídají fundamentálním biologickým modelům a lépe zapadají do schémat, jejichž nalezení se ve smysluplných alignmentech očekává. Indely a tedy i mezery jsou v sekvenčním alignmentu reprezentovány pomlčkami. Délka mezery je určena počtem indelů.Při srovnávání sekvencí proteinů nebo DNA jsou obě sekvence seřazeny pod sebe a porovnány, aby bylo možné určit, zda spolu sdílejí signifikantně podobné úseky. Skóre alignmentu se přiděluje podle kvality shod a je snižováno srážkami za přítomné mezery. Při srovnávání proteinů se používá skórovací tabulka, která přiřazuje skóre všem možným párům aminokyselinových zbytků, tedy možným aminokyselinovým záměnám. Skóre pro záměnu podobných aminokyselin je kladné, pro záměnu rozdílných záporné.Mezery jsou obvykle penalizovány pomocí lineární funkce, která přiřazuje počáteční srážku za samotnou existenci mezery (gap opening penalty) a dodatečné srážky za rozšiřování mezery (gap extension penalty). Jakou hodnotu gap penalty je v té které skórovací tabulce nejlepší použít je stanoveno empiricky, hodnota je nejčastěji záporná, případně nulová.
|
| dbpedia-owl:thumbnail
| |
| dbpedia-owl:wikiPageID
| |
| dbpedia-owl:wikiPageLength
| |
| dbpedia-owl:wikiPageOutDegree
| |
| dbpedia-owl:wikiPageRevisionID
| |
| dbpedia-owl:wikiPageWikiLink
| |
| dbpedia-owl:wikiPageWikiLinkText
| |
| dcterms:subject
| |
| rdfs:comment
|
- Gap penalty je pojem používaný v bioinformatice při sekvenčním alignmentu, tj. při srovnávání proteinových či nukleotidových sekvencí. Do češtiny jej lze přeložit jako „srážka za mezeru“.Hodnoty gap penalty jsou vytvořeny proto, aby redukovaly skóre sekvenčního alignmentu, který je přerušen indely (inzercemi/delecemi).
|
| rdfs:label
| |
| prov:wasDerivedFrom
| |
| foaf:depiction
| |
| foaf:isPrimaryTopicOf
| |
| is dbpedia-owl:wikiPageRedirects
of | |
| is dbpedia-owl:wikiPageWikiLink
of | |
| is foaf:primaryTopic
of | |
