Josef Thomayer (23. března 1853 Trhanov – 18. října 1927 Praha) byl český lékař – profesor vnitřního lékařství, jeden ze zakladatelů české lékařské vědy. Velkou měrou se zasloužil o zlepšení podmínek na českých klinikách. Jde o tvůrce českého lékařského názvosloví. Jeho bratr František Josef Thomayer byl český zahradní architekt.