Přírodní rezervace Klapice se nachází na jihozápadním okraji Prahy mezi obcí Kosoř a městskou částí Praha 16, Radotín. Rozkládá se na prudkých svazích kopce Klapice. Její západní a severní hranici tvoří Šachetský potok. Rezervace se nachází současně na území chráněné krajinné oblasti Český kras a přírodního parku Radotínsko - Chuchelský háj.