Ochrana genofondu rostlin zajišťuje uchování biologické různorodosti. Genofond rostlin představuje jednak rostliny divoké, plané, a dále zemědělské plodiny a kulturní varianty rostlin.Ochrana genofondu představuje cenný zdroj genetické variability pro další šlechtění v zemědělství, zahradnictví a lesnictví. Z ochranářského hlediska je genofond pojímán jako původní druhové složení rostlinstva v určité oblasti.