Praha je také nejvýznamnější železniční uzel osobní železniční dopravy v České republice. Je přirozeným centrem nejen dálkové dopravy, ale i příměstské, na hlavních tratích intervalové. Do budoucna se připravuje významné zvýšení úlohy železnice v městské a příměstské osobní dopravě. Nákladní železniční doprava byla z Prahy od první poloviny dvacátého století postupně vytlačována na okraj města a v důsledku útlumu nákladní železniční dopravy je provoz a rozsah nákladových nádraží omezován.
